La composició del sistema Labdoo es controla a través del menú de navegació principal (MNP), situat a la part superior de la pàgina. El MNP es troba a totes les pàgines de la plataforma i permet als usuaris trobar ràpidament els diversos recursos i eines. Una propietat important del MNP és que la disponibilitat de les diverses opcions depèn del rol associat a l'usuari. Com més rols tingui un usuari, més opcions veurà al menú de navegació principal.
Donada la seva rellevància, els usuaris poden trobar pestanyes d'accés per a cadascun dels cinc objectes bàsics al MNP: dootrònics, dootrips, edoovillages, hubs i les pestanyes del compte d'usuari. A més, el MNP conté altres opcions per ajudar als usuaris de Labdoo a interaccionar amb la plataforma, com ara taules d'indicadors, pàgines wiki, newsletters, fòrums o operacions de gestió d'equips i projectes, entre d'altres.